Az EKR-be minden jövőbeli felhasználónak természetes személyként regisztrálnia kell, bármilyen tevékenységről is legyen szó az EKR használatát illetően. Csakis a regisztrációt követően lesz lehetősége bármit elintézni, szervezethez csatlakozni, vagy szervezetet regisztrálni a rendszerben. Felhasználó névnek tanácsos olyan nevet megadni a természetes személy regisztrációjakor, ami beszédes, és nem szervezet specifikus vagy arra utaló, mivel a felhasználók a belépést követően tudnak szervezethez csatlakozni. Érdemes vezetéknév és keresztnév valamilyen kombinációját használni. Amennyiben választott név már foglalt, akkor egy másik kombinációval vagy további karakterekkel, például számjegy, hozzáadásával ez az akadály kiküszöbölhető.
A regisztráció kapcsán fontos megjegyezni, hogy nem tanácsos több felhasználót létrehozni különböző célokra, hanem egy felhasználót érdemes használni a szervezeten belüli és azon kívüli célokra, illetve FAKSZ-ként való tevékenykedésre is.
A belépést követően az EKR által nyújtott felület kibővül, és olyan funkciók elérthetővé válnak, amik korábban nem jelentek meg. Szervezethez csatlakozni is csak a belépést követően van lehetősége egy felhasználónak. Fontos azt már most megjegyezni, hogy a szervezetek nem külön felhasználóként működnek a rendszerben (így a felhasználói regisztrációt sem tanácsos szervezet specifikusan elvégezni), hanem elektronikus csoportként, aminek nevében különböző tevékenységek végezhetők el a megfelelő jogosultságokkal.