Minden szervezetnek szükséges regisztrálnia az EKR-be. Erre a nyilvántartott ajánlatkérői szervezetek esetében is szükség van, mert a Közbeszerzési Hatóság által nyilvántartott ajánlatkérők listájából nem kerülnek átemelésre az ott szereplő adatok. A szervezetek duplikálását a lehető legmagasabb szinten szükséges védeni, ezért a regisztrált adatok szervezetenként legalább egy egyedi információt kell, hogy tartalmazzanak, ami az EKR esetében az adószám.
A szervezetek típusai a következők lehetnek:
- Ajánlatkérő
- Gazdasági szereplő
- Lebonyolító (Azok a gazdasági szereplők, akik az eljárásban nem minősülnek ajánlatkérőnek, illetve ajánlattevőnek, hanem a közbeszerzés lebonyolítását végzik, képviselik az ajánlatkérőt, illetve ajánlattevőt.)
A szervezet-regisztrációs felület bárki számára elérhető, és az EKR nem korlátozza a felhasználókat abban, hogy bármilyen szervezet regisztráljanak. Továbbá az EKR nem követeli meg, hogy egy szervezetet annak jogi képviselője regisztrálja, így egy szervezet bármely tagja elintézheti azt. A szervezet-regisztrációs felületen található a következő mondat: „Kijelentem, hogy jogosult vagyok a megadott szervezet képviseletére”. Ez arra vonatkozik, hogy a szervezetet regisztráló felhasználó teljes felelősségének tudatában kijelenti, hogy nem a szervezet tudta nélkül jár el a regisztráció során, viszont ehhez nem szükséges írásos nyilatkozatot csatolnia.
Fontos megjegyezni, hogy a szervezet regisztráció nem új felhasználót hoz létre, hanem egy elektronikus csoportot, amihez a későbbiekben tudnak csatlakozni emberek, és nevében eljárást indítani, vagy ajánlatot tenni.
A csatlakozást minden esetben a szervezethez csatlakozni kívánó felhasználónak kell elindítania a „Felhasználó” menü „Csatlakozás szervezet” pontnál és nem a szervezet szuperusere keresi ki és jelöli be a szervezethez egyébként tartozó felhasználókat. A csatlakozási kérelmeket minden esetben adott szervezet szuperusere tudja jóváhagyni a „Felhasználó” menü „Jogosultsági kérelem elbírálása” pontban és így az EKR-n belül szervezeti tagsággal felruházni a kérelmet benyújtó felhasználót.
Amennyiben valaki egy szervezetet jogosulatlanul, annak tudta nélkül regisztrál – gyakorlatilag kizárva ezzel az EKR-ben végezhető bármiféle tevékenységből – akkor a szervezet és képviselete a felhasználóval szemben hatósági eljárást indíthat a jogosulatlan regisztráció törlésének, illetve új regisztráció megtételének érdekében.
A szervezetet regisztráló felhasználó automatikusan a szervezet tagjává és egyúttal a szervezet első szuperuserévé is válik, így részéről külön csatlakozásra már nincsen szükség. Egy szervezet több szuperuserrel is rendelkezhet egyidejűleg, ám arra nézve, hogy az(ok) ki(k) legyen(ek) a szervezetnél, az EKR nem kíván irányvonalakat meghatározni. Teljes egészében a szervezetre van bízva mind a hierarchia kialakítása, mind a jogosultság továbbadása, éppúgy, mint a jogosultságok felelős használatának ellenőrzése is.
Az ajánlatkérői szervezetek jóváhagyása kizárólag a Közbeszerzési Hatóság alátartozik, így arra nézve, hogy mikor kerül elbírálásra a szervezet-regisztráció az EKR ügyféltámogatói nem tudnak információval szolgálni.